慈云寺位于南岸区玄坛庙狮子山麓，始建于唐代，重修于清乾隆年间，1927年由刘湘捐资扩建。慈云寺大门一侧灰色的墙面、整齐的弧形窗框像是一座西式教堂，但从飞檐翘角、青瓷片贴饰的大门入内，拾级而上却来到了中式大雄宝殿门前。其中陡峭的梯坎，层层上爬层层有惊喜的布局，却又颇有山城特色。
2003年，被房管部门鉴定为D级危房。2005年5月，香港旭日集团董事长捐资1200万元，终于使慈云寺的排危改造提上了议事日程。排危改造的重点之一——韦驮殿，由于砖墙、木楼梯、木楼板、房顶都存在不同程度的隐患，经专家论证，改造时采取了“偷梁换柱”的办法，在墙内侧、木楼板和木楼梯下面，都用钢筋混凝土结构支撑，达到既保留建筑原貌原风格，又保证其安全性的目的。
寺内弥勒、观音等上世纪80年代的泥塑菩萨，有6尊因破损严重而换成了金光闪闪的铜像。不过，大雄宝殿中仍供奉着70多年前由缅甸迎回的释迦牟尼玉佛，它也是中国四大玉佛之一。文化大革命时期，有人在它前面悬挂巨幅毛主席像遮挡，才使它逃过一劫，没被当成“四旧”砸掉。
此外，慈云寺的周围环境也整治一新，并在大门前及两侧新建了近万平方米的广场。寺庙右侧则新修了一条梯道，以便疏散人流。
