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怒江的西岸。保护区东西宽9千米，南北长135千米，总面积12万公顷。山势陡峭，峰谷南北相间排列，有着极典型的高山峡谷自然地理垂直带景观和丰富多样的动植物资源。这是横断山脉中的一颗明珠，森林覆盖率达85%，高山峡谷复杂的地形和悬殊的生态环境，为各种动植物提供了有利的自下而上条件。高黎贡山巨大的山体挡住了西北寒流的侵袭，又留住了印度洋的暖湿气流，使地处低纬度高海拔的保护区，形成了典型的亚热带气候。在东西坡海拔1600-2800米地区，是自然保护区的主体，它连接东喜马拉雅区。在这里，森林资源极期丰富，珍稀植物随处可见。有当今世界上是大的杜鹃树种―500多年树龄的大树杜鹃；有被称为“绿色寿星”的古老孑遗植物――国家一级保护珍稀树种秃杉；有云南樱花的原始种、云南山茶的原生种，以及其它珍稀树种，是我国珍稀树种汇集的森林。